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1945
A Província Franciscana da Imaculada Conceição do Brasil, da Ordem dos Frades Menores, funda a Casa de Nossa Senhora da Paz – Ação Social Franciscana, para proporcionar educação e assistência aos moradores carentes do bairro periférico de Ipanema, na cidade do Rio de Janeiro.
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1948
A CNSP-ASF é reconhecida como instituição de utilidade pública.
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1965
A instituição recebe o Certificado de Entidade Beneficente de Assistência Social.
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1975
A CNSP-ASF opta por trabalhar também com a Educação Superior.
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1976
A CNSP-ASF assume a gestão do então Instituto de Ensino Superior da Região Bragantina, que compreendia nove faculdades, com 21 cursos, cerca de 10 mil alunos matriculados, além de seus professores e funcionários administrativos. Juntamente com as faculdades, a CNSP-ASF assume o hospital fundado dois anos antes. Em 1.º de maio de 1976, nascem as Faculdades Franciscanas, estruturadas nos campi Bragança Paulista, Itatiba e São Paulo. No mesmo ano, a CNSP-ASF transfere sua sede para Bragança Paulista.
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1985
As Faculdades Franciscanas, por força da Portaria Ministerial n.º 821, de 24/10/1985, passam a ser reconhecidas como Universidade São Francisco (USF).
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1987
O campus São Paulo é transferido das imediações do Largo de Santa Cecília para um edifício especialmente construído para abrigá-lo, no bairro do Pari. Nesse mesmo local, os franciscanos mantêm, desde 1919, o Colégio Santo Antônio do Pari.
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1988
O Colégio Santo Antônio do Pari é incorporado à Casa de Nossa Senhora da Paz – Ação Social Franciscana.
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1989
É fundada a Editora Universitária São Francisco.
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2001
A USF inaugura o campus Campinas, no distrito de Barão Geraldo.
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2003
A USF aprova novo Estatuto e Regimento Geral.
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2005
A USF passa por uma reestruturação para melhor pôr em prática sua missão, aprova os novos projetos de Desenvolvimento Institucional (PDI) e Político-pedagógico Institucional (PPI), cria a Unidade de Pesquisas e muda a localização do campus Campinas para o bairro Swift.
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2006
A USF inaugura sua política social de inclusão no Ensino Superior e de concessão de bolsas e benefícios. Também adere ao Programa Universidade para Todos (Prouni) e firma outros convênios de promoção da inclusão social.
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2007
A USF passa a contribuir significativamente para a consolidação do segmento das universidades comunitárias, renova sua política de pesquisa e cria uma política para a extensão.
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2008
Um novo processo de reforma acadêmica promove agilidade nos cursos da USF e favorece um ensino flexível e uma extensão atuante, atendendo cerca de 500 docentes e 12 mil alunos.
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2009
A USF recebe a visita do Ministério da Educação para o recredenciamento e obtém nota quatro da Comissão de Avaliação. Em novembro, ocorre o Capítulo Provincial da Ordem Franciscana, que designa o primeiro reitor leigo na história da universidade.
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2010
Toma posse a nova reitoria, sendo reitor o professor Héctor Edmundo Huanay Escobar e vice-reitor o professor Joel Alves de Souza Júnior, ambos não frades, pela primeira vez na história da Universidade São Francisco. O antigo reitor da USF, frei Gilberto Gonçalves Garcia, é nomeado conselheiro da Câmara de Educação Superior do Conselho Nacional da Educação. São aprovados nos Conselhos Superiores da USF o novo estatuto e regimento da Universidade São Francisco.
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2011
A USF comemora 35 anos de história, consolidando-se como referência na educação superior. São ofertados mais de 40 cursos de graduação, 20 de pós-graduação e três programas stricto sensu, atendendo mais de 10 mil alunos. Nesse ano, a USF tem vários cursos estrelados no Guia do Estudante.