A USF conta com três Programas de Pós-Graduação Stricto Sensu que oferecem os níveis mestrado e doutorado em Ciências da Saúde, Educação e Psicologia, avaliados pela Capes com conceitos 4, 4 e 6, respectivamente, de acordo com a última avaliação trienal (2010-2012). O conceito 6 concede padrão de excelência internacional ao Programa de Pós-Graduação em Psicologia.
Todos os programas desenvolvem projetos de pesquisa que contam com investimentos de agências de fomento externo, que, em 2013, superaram R$ 1 milhão de reais, refletindo a importância dos temas pesquisados e a qualificação dos pesquisadores envolvidos.
Com a implantação do Núcleo de Pesquisa Acadêmica na USF, em 2011, houve a ampliação das atividades de pesquisa para todos os docentes e alunos dos cursos de graduação da universidade, antes restritas aos Programas de Pós-Graduação Stricto Sensu e aos cursos de graduação diretamente a ele vinculados.
O estudante participante de projetos de iniciação científica recebe uma bolsa de estudo mensal concedida pelo Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), pelo Programa Institucional de Bolsas de Iniciação Científica (Pibic), pela USF por meio do Programa de Bolsa-Auxílio de Iniciação à Pesquisa Científica (Probaic), por outras agências de fomento ou, ainda, pode realizar seu projeto de pesquisa voluntariamente, orientado por um professor.
Em 2013, houve um número significativo de projetos realizados, de professores e alunos envolvidos e, sobretudo, de projetos de iniciação científica.
Os professores pesquisadores da USF participaram de inúmeros eventos nacionais e internacionais, promovendo o desenvolvimento de projetos de pesquisa e parcerias institucionais. Além disso, vários dos pesquisadores atuaram como membros de comitês editoriais de periódicos científicos de referência acadêmica nacional e internacional, além de participarem de comitês científicos e acadêmicos externos.
Destaque para a atuação dos professores Moysés Khulmann Júnior e Ricardo Primi, dos Programas de Pós-Graduação Stricto Sensu em Educação e Psicologia, respectivamente, como membros das seguintes comissões da Capes:
A publicação semestral do Programa de
Pós-Graduação Stricto Sensu em Educação da Universidade São Francisco tem o propósito
de servir como fórum para a apresentação de pesquisas, estudos teóricos e resenhas, em
suas vertentes históricas, culturais e de
práticas educativas. Para garantir uma interlocução com pesquisadores nacionais
e internacionais, a revista recebe publicações nas línguas portuguesa, inglesa, francesa
e espanhola.
No ano de 2013, a revista Horizontes publicou dois números organizados por um dossiê com temática educacional e artigos de demanda espontânea.
Criada em 1996, a revista vem aprimorar a tradição na Universidade São Francisco, que desde 1974 divulga produções na área da Psicologia, em forma de periódicos. Sua publicação quadrimestral está vinculada ao Programa de Pós-Graduação Stricto Sensu em Psicologia.
Atualmente, a revista detém avaliação Qualis da Capes, como uma publicação de excelência acadêmica.
Criado para defender os interesses dos pesquisadores, em sua integridade e dignidade, e para contribuir no desenvolvimento da pesquisa dentro de padrões éticos ditados por normas e diretrizes regulamentadoras da pesquisa.
O Comitê de Ética em Pesquisa com Seres Humanos é regulamentado pela Comissão Nacional de Ética em Pesquisa (Conep), que está diretamente ligada ao Conselho Nacional de Saúde. A prestação de contas é realizada por meio de relatórios semestrais, nos quais é mensurada a quantidade de projetos realizados no período.
O comitê da USF também atua na orientação de docentes e acadêmicos, contribuindo, assim, para a qualidade das pesquisas e valorização do pesquisador, que recebe o reconhecimento de que sua proposta é eticamente adequada. Em 2013, foram avaliados 1 033 protocolos envolvendo seres humanos, que são contabilizados por meio da Plataforma Brasil.
O Comitê de Ética no Uso de Animais (Ceua) é responsável por acompanhar e fiscalizar as atividades que envolvem a utilização de animais no âmbito de pesquisas, atendendo aos princípios éticos estabelecidos por órgãos oficiais.
Desde 2011, o comitê é credenciado no Ministério da Ciência e Tecnologia, o que permite um maior controle sobre as técnicas usadas nos experimentos. A partir do ano de 2013, vêm sendo utilizados animais como ratos, camundongos e coelhos em pesquisas e aulas práticas, nas quais os protocolos são analisados e aprovados pelo Ceua.